Video: Mikä on BAM-indeksitiedosto?
2024 Kirjoittaja: Lynn Donovan | [email protected]. Viimeksi muokattu: 2023-12-15 23:46
A BAM-tiedosto (. bam ) on SAM:n binääriversio tiedosto . SAM tiedosto (. sam) on sarkaineroteltu teksti tiedosto joka sisältää sekvenssikohdistustiedot. Indeksointi : IGV edellyttää, että sekä SAM että BAM-tiedostot lajitellaan sijainnin ja mukaan indeksoitu , ja että hakemistotiedostot noudattaa tiettyä nimeämiskäytäntöä.
Samoin ihmiset kysyvät, kuinka voin avata BAM-tiedoston?
alkaen Tiedosto valikosta valita Avata ja valitse BAM-tiedostot vasemmalta puolelta. Valitse oikealta painike, jossa lukee Lisää a BAM-tiedosto . Navigoi kohtaan BAM Testata Tiedostot lataamasi kansio valitse with_index_with_graph. Klikkaus Avata , valitse kartta.
Toiseksi, kuinka voin muuntaa BAM-tiedoston Fastq:ksi? Alla on vaiheet BAM-tiedoston muuntamiseksi FASTQ-muotoon. Tämä toimii Linuxissa ja vaatii SAMTOOLSin ja BEDTOOLSin
- Lataa SAMTOOLS.
- Pura komennolla tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Se luo kansion nimellä samtools-version.
- Siirry hakemistoon cd samtools-version.
Samoin, kuinka voin muuntaa BAM-tiedoston SAM-tiedostoksi?
Vastaanottaja muuntaa SAM to BAM , käytämme samtools view -komentoa. Meidän on täsmennettävä, että syötteemme on sisään SAM-muoto (oletuksena se odottaa BAM ) käyttämällä -S-vaihtoehtoa. Meidän on myös sanottava, että haluamme tuloksen olevan BAM (oletusarvoisesti se tuottaa BAM ) vaihtoehdolla -b.
Mitä Samtools-näkymä tekee?
Samtools on joukko apuohjelmia, jotka käsittelevät tasauksia BAM-muodossa. Se tuo SAM (Sequence Alignment/Map) -muodosta ja vie siihen, tekee lajittelu, yhdistäminen ja indeksointi, ja se mahdollistaa lukemien nopean noudon kaikilla alueilla. Samtools on suunniteltu toimimaan streamissa.
Suositeltava:
Mikä on w3c mikä on Whatwg?
Web Hypertext Application Technology Working Group (WHATWG) on HTML:n ja siihen liittyvien teknologioiden kehittymisestä kiinnostuneiden ihmisten yhteisö. WHATWG:n perustivat vuonna 2004 Apple Inc:n, Mozilla Foundationin ja Opera Softwaren, johtavien verkkoselaintoimittajien henkilöt
Mikä on prosessi käyttöjärjestelmässä mikä on säiettä käyttöjärjestelmässä?
Prosessi on yksinkertaisimmillaan suorittava ohjelma. Yksi tai useampi säiettä suoritetaan prosessin yhteydessä. Säie on perusyksikkö, jolle käyttöjärjestelmä varaa prosessoriaikaa. Säiepoolia käytetään ensisijaisesti vähentämään sovellussäikeiden määrää ja tarjoamaan työsäikeiden hallintaa
Mikä on henkilökohtainen tietokone Mikä on lyhenne?
PC - Tämä on lyhenne sanoista henkilökohtainen tietokone
Mikä on edustavuusheuristiikka Mikä on saatavuusheuristiikka?
Saatavuusheuristiikka on henkinen pikakuvake, joka auttaa meitä tekemään päätöksen sen perusteella, kuinka helppoa on tuoda jotain mieleen. Edustavuusheuristiikka on mentaalinen oikotie, joka auttaa meitä tekemään päätöksen vertaamalla tietoa mentaalisiin prototyyppeihimme
Mikä on tapahtumaloki ja mikä sen tehtävä on?
Tapahtumaloki on peräkkäinen tietue kaikista tietokantaan tehdyistä muutoksista, kun taas varsinaiset tiedot ovat erillisessä tiedostossa. Tapahtumaloki sisältää tarpeeksi tietoa, jotta voidaan kumota kaikki tietotiedostoon tehdyt muutokset osana yksittäistä tapahtumaa